ประธานาธิบดีเมกาวาตี เป็นบุตรสาวของซูการ์โน ผู้นำชาตินิยมและประธานาธิบดีคนแรกของอินโดนีเซีย เข้ารับตำแหน่งแทนในฐานะรองประธานาธิบดีภายหลังประธานาธิบดีวาฮิดออกจากตำแหน่ง เป็นประธานาธิบดีหญิงคนแรกของอินโดนีเซีย ดำรงตำแหน่งตั้งแต่กรกฎาคม 2544 ถึงตุลาคม 2547 ระหว่างดำรงตำแหน่ง แม้จะได้รับการสนับสนุนจากกองทัพ แต่ขณะนั้นประเทศมีปัญหารุมเร้ามากมาย ทั้งการเมือง สังคม และเศรษฐกิจที่ไม่ฟื้นตัว ปัญหาทุจริตที่ยังมีเรื่อยมา และปัญหาใหญ่คือ ปัญหาการก่อการร้าย อันเนื่องจากเหตุการณ์โจมตีสหรัฐ เมื่อ 11 กันยายน 2543 และการโจมตีอัฟกานิสถานของสหรัฐในปี 2544 ทำให้มีกลุ่มต่อต้านสหรัฐกับชาวตะวันตก เกิดขึ้นมากมายในอินโดนีเซีย และได้มีการก่อความรุนแรงหลายครั้ง ซึ่งครั้งที่รุนแรงที่สุดครั้งหนึ่ง คือการลอบวางระเบิดสถานบันเทิงที่เกาะบาหลี จนมีผู้เสียชีวิตกว่า 200 คน จนทำให้รัฐบาลอินโดนีเซียต้องดำเนินการในการต่อต้านปราบปรามการก่อการร้ายอย่างเข้มงวดจนถึงปัจจุบัน